在翻译调控研究兴起的当下，Ribo-seq（核糖体印记测序）凭借单碱基分辨率捕捉核糖体在mRNA上的结合位置，成为解析蛋白翻译动态、挖掘翻译调控机制、识别新开放阅读框的核心技术。但很多科研人员在开展Ribo-seq实验时，常卡在同一个关键环节：rRNA片段污染。
Ribo-seq实验通过RNase酶切处理，将正在翻译的mRNA切割成不同长度的片段，再富集核糖体保护片段（RPF）进行文库构建和测序。但这一过程中，核糖体中的rRNA也会被酶切降解，产生大量26–34 nt左右的短片段。由于这些rRNA碎片的长度与目标RPF高度接近，传统的胶回收或片段选择方法很难将它们有效分离。
如果没有针对性的rRNA去除步骤，大量rRNA碎片会进入最终文库，导致测序数据中rRNA比对占比过高。在严重情况下，rRNA来源reads甚至可以占据总数据量的绝大部分，造成有效RPF信号被掩盖、测序通量浪费、低丰度翻译本难以检出，最终影响翻译定量准确性、ORF鉴定和密码子水平分析结果。 
Ribo-seq中的rRNA碎片污染示意
为什么普通rRNA去除方法不够适配Ribo-seq？
常规RNA-seq使用的rRNA去除产品，主要针对完整长链rRNA设计，目标是在文库构建前清除样本中的18S、28S等完整rRNA。但Ribo-seq样本中的污染形式不同，问题核心不再是完整rRNA，而是酶切后产生的大量rRNA短片段。
因此，普通rRNA去除试剂盒往往难以有效应对Ribo-seq中的碎片污染。如果探针设计没有覆盖Ribo-seq酶切热点区域，或者杂交体系更适合长链RNA，去除效率就会明显下降。而实验室自制探针池，则需要经历探针设计、合成、验证和条件优化等多个环节，周期长、成本高，且批次稳定性不易控制，尤其对低起始量样本不够友好。
如何在保留真实核糖体足迹的前提下，高效清除RPF样本中的rRNA碎片，已经成为决定Ribo-seq数据质量和课题推进效率的关键问题。
启衡星Ribo-seq rRNA去除试剂盒：专为Ribo-seq碎片污染场景设计
启衡星 Ribo-seq rRNA去除试剂盒，专为核糖体印记测序特点开发，采用生物素标记DNA探针池，特异性杂交识别酶切后的rRNA短片段，再以链霉亲和素磁珠捕获移除，在建库前富集有效RPF。
与传统面向完整rRNA的去除方案不同，启衡星试剂盒更关注Ribo-seq中实际出现的碎片化rRNA污染，能够针对性降低文库中的rRNA占比，提高有效RPF reads比例，让测序数据更多集中在真正有翻译信息的mRNA足迹上。
启衡星rRNA去除试剂盒工作原理
产品优势
1、专属探针设计，更适配Ribo-seq碎片污染探针池针对性覆盖Ribo-seq酶切常见的rRNA短片段（28S、18S、5.8S、5S及线粒体rRNA降解片段），更贴近RPF样本污染特征，减少短片段残留、提升有效数据产出。
2、多物种支持，兼顾标准模式物种与定制需求支持人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫等常见物种探针选择，亦可按需定制，减少实验体系搭建与稳定出数据的时间成本。
3、操作流程简洁，批次重复性更好仅探针杂交加磁珠捕获两步，无需复杂设备，批次间差异小、稳定性好，适合设置多组生物学重复的研究。
4、 兼容主流Ribo-seq建库流程，低起始量样本更友好可接入标准Ribo-seq流程，用于RPF纯化后、建库前，兼容主流方案，适合自动化和高通量实验需求；细胞、组织及珍贵低起始量样本均适用，减少预实验摸索与返工风险。
rRNA去除并非锦上添花，而是保障翻译组数据真实性与利用率的关键环节。在碎片污染严重、起始量低或测序预算有限时，选择适配Ribo-seq的rRNA去除方案能显著改善结果。
启衡星Ribo-seq rRNA去除试剂盒，以探针设计、杂交效率与流程稳定性为核心，帮助科研人员解决Ribo-seq rRNA实验难题，提升有效reads占比、降低数据波动，让翻译组研究更稳定、高效、可控。
